Det danske forskningsrådssystem består af en række organer, jfr. figuren. Evalueringen har primært haft fokus på Danmarks Forskningspolitiske Råd, der giver ministeren og Folketinget forskningspolitisk rådgivning, Det Frie Forskningsråd, der uddeler bevillinger primært på basis af en klassisk bottom-up baseret støttefunktion, Det Strategiske Forskningsråd, der uddeler bevillinger inden for politisk prioriterede og tematisk afgrænsede forskningsområder samt Koordinationsudvalget for forskning, der har til formål at koordinere og fremme samarbejde i det samlede system. 

Evalueringen er skarp i sin kritik af den samlede struktur. Systemet mangler ifølge panelet organisatorisk sammenhængskraft. Der er manglende gensidig respekt for og accept af opgave- og kompetencefordelingen organerne imellem. I stedet for at arbejde aktivt sammen forfølger organerne ifølge panelet særskilte dagsordener og plejer egne interesser. 

Også de enkelte organer kritiseres. Det Frie Forskningsråd kritiseres for ikke at have taget sin opgave alvorligt. De tidligere autonome forskningsråd, der i 2004 blev underlagt en fælles bestyrelse, har levet videre. Bestyrelsen har ikke fungeret. Det Strategiske Forskningsråd kritiseres for ikke at have levet op til lovgivningens krav om et begrænset antal programkomiteer, der nedlægges, når deres opgave er fuldført. Koordinationsudvalget for forskning kritiseres for slet ikke at være blevet den koordinerende enhed, som det var tiltænkt at skulle være. Endelig kritiseres organiseringen af den forskningspolitiske rådgivning. Panelets vurdering er her, at for mange kokke fordærver maden. Alle organer høres og udtaler sig forskningspolitisk, selvom loven tillægger denne opgave til Danmarks Forskningspolitiske Råd, som i øvrigt er det eneste organ der ikke rammes af kritik. 

På basis af denne diagnose anbefaler evalueringspanelet, at der med afsæt i et princip om enhedsledelse etableres en ny struktur. I første omgang bør bestyrelserne for Det Frie Forskningsråd og Det Strategiske Forskningsråd sammenlægges. På længere sigt bør der arbejdes frem mod en fælles bestyrelse af alle fondsfunktioner, det vil sige også Danmarks Grundforskningsfond, Højteknologifonden og Rådet for Teknologi og Innovation. Derved kan Koordinationsudvalget for forskning nedlægges. 

En sådan struktur kan ifølge panelet også være en ramme, der kan løse de problemer, der i dag er på sekretariatssiden. I det nuværende system er sekretariatsfunktionen atomiseret og uden tilstrækkelig forskningsfaglig kompetence, ligesom den mangler uafhængig analysekapacitet. Selvom panelet nævner, at den nuværende sekretariatsanknytning til Forsknings- og Innovationsstyrelsen rummer fordele i forhold i form af nærhed til det politiske system, vurderer panelet ulemperne som større end fordelene. På denne baggrund foreslås sekretariatsfunktionen fremover afkoblet fra styrelsen og i stedet lagt ind under den nyetablerede fælles bestyrelse. 

Vælger politikerne at følge panelets strukturanbefalinger får Danmark fremover en norsk forskningsrådsmodel med enkelte men vigtige tilpasninger. For det første foreslås der en fælles bestyrelse med underliggende bevillingsuddelende organer modsat den norske struktur med tre styringsniveauer. For det andet foreslås Danmarks Forskningspolitiske Råd bevaret som særskilt forskningspolitisk rådgivende organ. 

Evalueringspanelets norske medlem Arvid Hallén, administrerende direktør for Norges forskningsråd, synes således at have sat sit tydelige fingeraftryk på evalueringens anbefalinger ved at foreslå overført hvad mange oplever som de gode erfaringer fra Norge men med justeringer, der tager højde for det der i Norge opleves som problematisk. 

Men er erfaringerne i Norge så entydigt positive? Og er centraliserede forskningsrådssystemer generelt bedre end mere pluralistiske systemer? Norges forskningsråd blev oprettet, fordi den tidligere fragmenterede struktur blev oplevet som et problem. Efterfølgende har bagsiden ved en stor og enstrenget organisation vist sig i forskellige sammenhænge i form af mangel på fleksibilitet og udtalte tendenser til at lade interne organisationsspørgsmål få forrang frem for at finde løsninger, der er tilpasset de konkrete forskningspolitiske udfordringer. Disse overordnede og principielle spørgsmål reflekteres der desværre ikke nærmere over i den danske evalueringsrapport. 

Evalueringspanelet har også vurderet rådenes praksis. I denne sammenhæng har evalueringen blandt andet afdækket, at succesraterne for rådsmedlemmer, der har søgt midler i eget organ, i flere af de faglige forskningsråd i regi af Det Frie Forskningsråd, ligger betydeligt højere end succesraterne for alle ansøgere samlet. Der er intet der tyder på, at rådene ikke lever op til de formelle regler om håndtering af inhabilitet. Alligevel konkluderer panelet, at forskellene i succesrater svækker tilliden til systemet og skaber tvivl om organernes uafhængighed, retfærdighed og dømmekraft. Det «kaster en negativ skygge over forskningsrådssystemet», som det formuleres. 

Panelets løsning på dette problem er en forøgelse af det der kaldes eksternaliteten i de faglige forskningsråd. Eksternaliteten kan forøges ved, at reducere antallet af rådsmedlemmer og til gengæld øge brugen af eksterne bedømmelser (peer review), udnævne flere udenlandske rådsmedlemmer samt i højere grad inddrage kompetente institutionseksterne medlemmer. 

Måske er dette elementer i en løsning, men det er ikke uproblematiske elementer. Peer review systemet er overbelastet og muligheden for at få kvalificerede bedømmere til at påtage sig nye opgaver er ganske usikker. Og erfarne forskere uden for universiteter og forskningsinstitutioner findes stort set kun på de områder, hvor der er virksomheder, der driver egen forskning. At placere f.eks. ministerielle repræsentanter i bevillingsfordelende organer, som det kendes fra Norge, vil næppe styrke forskningskvaliteten, men kan bidrage til at åbne for mistanke om en mere indirekte politisk styring. Et krav om åbenhed og offentlig indsigt i rådenes beslutninger kan derimod skabe grundlag for en løbende kritik, der kan korrigere de kritiserede forhold. 

Modtagelsen af evalueringsrapporten er ikke gået stille af. Umiddelbart skabte succesrate- og tillidsproblematikken en hed debat, men efterfølgende er også strukturspørgsmålet kommet på dagsordenen. De eksisterende organer ser ikke positivt på sammenlægninger. Det Frie Forskningsråd har kritiseret evalueringspanelet for ikke at have forstået hvad fri forskning er og panelets formand Søren Isaksen, koncerndirektør i den store industrikoncern NKT (tidligere Nordisk Kabel og Tråd), for lige fra starten at have haft en ensidig dagsorden relateret til styrkelse af den strategiske forskning. Det første er næppe rigtigt, mens det sidste nok er ganske vist. 

Regeringens politik har i hele perioden været at styrke den strategiske forskning. Dette fremgår tydeligt af de nøgletal, der er omtalt i rapportens appendiks 2. Hvor det årligt bevilgede beløb i Det Frie Forskningsråd i perioden 2004-2008 har været relativt stabilt omkring 1.000 mio.kr., er det bevilgede beløb i Det Strategiske Forskningsråd steget fra 166 mio. kr. i 2004 til 731 mio. kr. i 2008. Det er videnskabsministeren, der har udpeget evalueringspanelet. Mon ikke han til formandsposten har udpeget en politisk venligtsindet person? 

Det kan undre, at panelet ikke har haft øje for de problemer, der knytter sig til praksis i beslutnings- og implementeringsprocesserne omkring de strategiske initiativer. Den proces, der har dannet afsæt for udpegningen af strategiske initiativer, den såkaldte FORSK2015-proces, burde have været fulgt op og de efterfølgende eksempler på forvridninger af strategiske initiativer via indbagning af nye initiativer i eksisterende programkomiteer burde have været udsat for kritiske øjne. Det kan også undre at problemer om indlejring af strategiske og andre større programmer ikke er medtaget i denne omfattende evaluering. 

I det hele taget lider evalueringsrapporten og den efterfølgende diskussion under, at vigtige principielle spørgsmål, knyttet til hvordan medieringen mellem forskningspolitik og forskningspraksis bedst tilrettelægges, hvordan der etableres en god balance mellem top-down og bottom-up initierede processer samt hvorledes universiteternes rolle er i forhold til forskningsrådssystemet, glider i baggrunden til fordel for en diskussion om forenkling og struktur.