I den nye basisfinansieringsordningen er vitenskapelig publisering én av fem indikatorer, med 30 prosents vektlegging. De 50 forskningsinstituttene som i år inngår i ordningen, er inndelt i fire «arenaer»: miljø, primærnæring, samfunnsvitenskap og teknisk-industriell, og instituttene vil konkurrere innenfor disse faglige fordelingsarenaene. Betydningen publiseringspoengene vil ha, varierer ettersom både størrelsen på den totale potten som skal fordeles, og andelen midlene vil utgjøre av grunnbevilgningen, varierer. For primærnæringsinstituttene har regjeringen bestemt at 2,5 prosent av grunnbevilgningsrammen skal omfordeles i henhold til den nye ordningen, mens den for de øvrige arenaene vil utgjøre 10 prosent. Omregnet betyr dette at ett publiseringspoeng registrert i 2008 i 2010-tildelingen utgjør i overkant av 500 kroner for primærnæringsinstituttene, ca. 9000 kroner for de samfunnsvitenskapelige instituttene, i underkant av 10 000 kroner for de teknisk-industrielle instituttene og høyest - ca. 13 000 kroner - for miljøinstituttene. 

Indikatoren «vitenskapelig publisering» bygger på rapporter fra instituttene til NIFU STEP - som har beregnet publiseringspoeng. Instituttets adresse må fremkomme i publikasjonen for at den skal kunne gi uttelling, og den må være publisert i et tidsskrift eller forlag med rutiner for fagfellevurdering for å bli klassifisert som vitenskapelig. Publiseringspoengene beregnes ved at forfatterandelen multipliseres med vekt for publiseringsform og faglig nivå (som for universitetene) multiplisert med eventuell samarbeidskomponent som gir 25 prosent ekstra uttelling. 

I 2008 publiserte instituttene 1 774 tidsskriftsartikler, 436 antologiartikler og 47 monografier. Tilsvarende tall i 2007 var 1 639 tidsskriftsartikler, 476 antologiartikler og 31 monografier. Omregnet til publiseringspoeng utgjorde publiseringen i 2008 1 838 poeng og innebar en økning på 8 prosent i forhold til 2007. Publikasjonspoeng per forskerårsverk utgjorde i gjennomsnitt 0,46. Andelen var størst ved de samfunnsvitenskapelige instituttene med 0,81 poeng og lavest ved de teknisk-industrielle instituttene med 0,32. Miljø- og primærnæringsinstituttene hadde forholdstall på henholdsvis 0,54 og 0,43 publikasjonspoeng per forskerårsverk. 20 prosent av tidsskrifts- og antologiartiklene var publisert i nivå 2-tidsskrift, mens 15 prosent av monografiene var publisert på nivå 2-forlag.